《南风不知我意》围绕傅云深和朱旧展开一段虐心又深情的爱情故事。傅云深是医药集团继承人，因一场意外患上严重的PTSD，人生陷入灰暗。朱旧是乐观坚强的外科医生，一心想要攻克罕见病。两人在机缘巧合下相遇，朱旧的温暖与坚韧逐渐融化傅云深内心的坚冰，傅云深也在朱旧的影响下慢慢走出阴霾，两人相爱。然而，命运弄人，傅云深为保护朱旧远走他国，朱旧则在国内坚守医学梦想。多年后，两人再度重逢，过往的误会与现实的阻碍接踵而至，但他们依然坚守对彼此的爱，共同面对生活的挑战，在相互治愈中携手走向未来。